Jochen Ganser ist geboren und aufgewachsen im Allgäu. Nach dem Schauspielstudium an der Hochschule des Saarlandes für Musik und Theater in Saarbrücken war er am Stadttheater Gießen, den Städtischen Bühnen Münster, am Landestheater Schwaben sowie am Rheinischen Landestheater Neuss fest engagiert. Stückverträge führten ihn außerdem ans Staatstheater Saarbrücken, das Theater in der Josefstadt (Wien), die Burgfestspiele Bad Vilbel, die Komödie im Bayerischen Hof in München, das Düsseldorfer Schauspielhaus, das Festival 100° am »Hebbel am Ufer« in Berlin sowie an das Wallgrabentheater in Freiburg. An der Badischen Landesbühne und am Theaterlabor in Bremen waren Regiearbeiten von ihm zu sehen.
Seit der Spielzeit 2015/16 ist er festes Ensemblemitglied am Theater Rudolstadt, wo er bisher u. a. als Schweizer in »Die Räuber«, als Zeko Zekov in »Eine heikle Sache, die Seele«, in »Die Bibel«, »Die Wiedervereinigung der beiden Koreas« und »Das Glas Wasser«, in dem Morgenstern-Abend »Ein Wiesel saß auf einem Kiesel«, als Polonius in »Hamlet« sowie als Moderator in der Opernausgrabung »Idalide oder Die Jungfrau der Sonne« zu sehen war.