Mathias Werner wurde in Wittenberg/Lutherstadt geboren und studierte an der Technischen Universität Dresden Garten- und Landschaftsarchitektur. 1995 begann er als Bühnenbild-Assistent am Berliner Ensemble. Seit 2000 arbeitet er freischaffend als Kostüm- und Bühnenbildner. Neben Schauspielproduktionen unter der Regie von Thomas Langhoff, Alejandro Quintana, Katja Paryla, Carl-Hermann Risse und Ismael Ivo entstanden ebenso Schauspiel-, Tanztheater- und Opernproduktionen an Häusern wie dem Deutschen Theater Berlin, Nationaltheater Weimar, Theater im Palais Berlin, Volkstheater Rostock, Theater Heilbronn, Vanemuine Teater Tartu (Estland) und dem Staatstheater Cottbus.
Am Theater Rudolstadt entwarf er in den letzten Jahren u. a. die Kostüme für »Der Revisor« (2011), die Ausstattung von »Tumult im Narrenhaus«, »Gerüchte …, Gerüchte …«, »Corallina oder Die beste aller Frauen«, »Orpheus steigt herab«, »Der falsche Don Juan« und »König der Herzen«.