Andrea Eisensee wurde 1964 in Weimar geboren. Sie absolvierte eine Baufacharbeiterlehre und studierte danach Architektur an der Kunsthochschule Berlin. 1984 arbeitete sie für ein Jahr als Assistentin der Kostümdirektorin an der Deutschen Staatsoper Berlin. Sie setzte ihr Studium im Bereich Bühnen- und Kostümbild an der Kunsthochschule Berlin fort, das sie 1989 mit Diplom abschloss. Danach wirkte Andrea Eisensee als freischaffende Bühnen- und Kostümbildnerin u.a. am Opernhaus Halle in der Inszenierung »Tamerlan« (Regie: Peter Konwitschny). 1990 kehrte sie für ein Jahr als Meisterschülerin an die Kunsthochschule zurück. Im Anschluss arbeitete sie wiederum als freischaffende Bühnen- und Kostümbildnerin, u.a. an der Volksbühne Berlin. 1993 studierte sie Szenografie an der Hochschule für Film- und Fernsehen Potsdam Babelsberg bei Prof. Alfred Hirschmeier und schloss dieses Studium mit dem Diplomfilm »Die andere Seite« (Regie: Boris Naujoks) ab. 1994 war Andrea Eisensee Stipendiatin des Deutschen Akademischen Austauschdienstes in Frankreich. 1995 bis 1997 war sie Kostümdirektorin am Kleist Theater Frankfurt/O. Seit 1997 ist Andrea Eisensee wieder als freischaffende Bühnen- und Kostümbildnerin tätig, u. a. am Theater Dortmund, Theater der Landeshauptstadt Kiel, Opernhaus Halle, Staatstheater Cottbus, Staatstheater Schwerin, Staatstheater Oldenburg und an der Sächsischen Staatsoper Dresden.
2001 wirkte Andrea Eisensee als Set Dresser für den Film »Good bye Lenin«. Von 2009 bis 2017 lehrte sie an der Designakademie Rostock. Im Herbst 2018 schloss Andrea Eisensee das Studium der Kunsttherapie an der Medical School Hamburg ab. Ihre Diplomarbeit zu Heiner Müllers »Wolokolamsker Chaussee I-V« wurde vom Stadtmuseum Berlin angekauft. Andrea Eisensee ist Gewinnerin der Bronzemedaille der Internationalen Bühnenbild-Trienale Novi Sad. In den Spielzeiten 2016 bis 2018 brachte sie am Theater Zwickau »Hair« und »Il mondo della luna«, am Theater Neustrelitz »Fidelio«, an den Uckermärkischen Bühnen Schwedt »Faust I und II« und an der HMT Rostock »Kohlhaas« als Bühnen- und Kostümbildnerin zur Aufführung. Im März 2018 hatte die Produktion »Fame« am Volkstheater Rostock in der Ausstattung von Andrea Eisensee Premiere. Danach folgten Arbeiten an der Neuen Bühne Senftenberg, am Theater Greifswald/Stralsund und am Volkstheater Rostock.
In der Spielzeit 2019/20 schuf sie am Theater Rudolstadt das Bühnenbild und die Kostüme für William Shakespeares »Hamlet«.